
La política general y las orientaciones básicas de gestión de la Asociación de Químicas las establecen sus órganos de gobierno. Se estructura en tres órganos colegiados (Asamblea General, Junta Rectora y Comité Ejecutivo), y en cuatro cargos unipersonales (Presidente, facultativamente Vice-presidente, Tesorero, Secretario de la Junta y Secretario General).
La Asamblea General debe reunirse, al menos una vez al año. Formada por todos los asociados que deseen participar en la reunión, sin ninguna limitación, decide sobre las líneas estratégicas básicas y aprueba o desaprueba la gestión de la Junta. Evalúa los resultados económicos y aprueba los presupuestos. Cada cuatro años se constituye en Asamblea Electoral y elegirá a los miembros de la Junta Rectora. En la actualidad la asociación cuenta con 122 empresas asociadas.
La Junta Rectora está formada por 18 miembros, es elegida por la Asamblea por períodos de 4 años. Tiene obligación de reunirse, al menos cada, 3 meses. Controla la gestión y representa la voluntad de la Asamblea en el día a día de la Asociación.
La Asamblea General electoral celebrada en 2006 eligió a las siguientes empresas para formar la Junta Rectora: